LCN

LCN = Low Copy Number. Feitelijk geen nieuwe techniek, maar gewoon een simpele verandering van het PCR-proces: ipv 28 cycles worden 34 cycles doorlopen, waardoor de opbrengst met een factor 26= 64 wordt verhoogd. Daarmee kan dan wellicht het verschil worden gemaakt tussen wel- of niet-detecteerbaar in de capillaire electroforese.

Echter: met LCN gaat men het gebied van de "secondary tranfer" binnen, en worden daarmee aanvullende problemen binnengehaald.
Bij deze  "secondary tranfer" moet u zich het volgende voorstellen: de dader van een misdrijf heeft kort voor het misdrijf iemand de hand geschud. Daardoor is DNA op zijn handen gekomen. Dit DNA, dat dus niet delict-gerelateerd is, wordt via LCN gewoon zichtbaar en 'linkt' een toevallige kennis van de dader aan het delict.

Er zijn echter nog andere problemen, ingewikkelder om uit te leggen. Allereerst citaten uit de DMZ:

Proces Den Bosch 2003/2004
Ondervraging ing. Eikelenboom 8 december 2003
Citaat Bij mijn rapport d.d. 22 januari 2004 heb ik artikelen toegevoegd, waarin Ladd en Wickenheiser betogen, dat meetbare secondary transfer niet waarschijnlijk is bij oppervlakkig contact. Ook bijgevoegd is een artikel van Rutty. Hij betoogt het tegendeel. Daarbij moet wel worden opgemerkt dat hij bij zijn onderzoek gebruikt heeft gemaakt van de gevoelige Low Copy Number-methode.
Betekenis en commentaar E. impliceert hier dat in de DMZ de Low Copy Methode niet is gebruikt, want niet relevant.

Proces Den Bosch 2003/2004
Ondervraging Eikelenboom 8 december 2003
Citaat 2.1.6. Ing. Eikelenboom heeft in dit verband in de eerste plaats onder meer opgemerkt dat de in het onderhavige onderzoek verkregen DNA-profielen zijn bepaald met de standaardmethoden die door het NFI bij het DNA-onderzoek worden gehanteerd.
Vervolgens Bij die methoden zullen over het algemeen geen profielen worden verkregen uit celmateriaal dat kan worden overgedragen bij zakelijk, oppervlakkig contact zoals het geven van een hand of het voeren van een gesprek op geringe afstand tussen personen. Ter zitting van 26 januari 2004 heeft ing. Eikelenboom verklaard dat voor het met behulp van genoemde standaardmethoden verkrijgen van een bruikbaar DNA-profiel van huidcellen minimaal 200 cellen dienen te zijn overgebracht en dat bij het bedoelde zakelijke, oppervlakkige contact in het algemeen minder dan deze hoeveelheid zal worden overgedragen.
Betekenis en commentaar Overigens is de uitspraak hierboven verre van correct, gezien het onderzoek van  Port et al (2006), dat laat zien, dat bij een gesprek aanzienlijke hoeveelheden DNA worden overgedragen. Voorts ligt de grens voor het detecteerbaar zijn van cellen beduidend lager:
Wickenheiser 2002 pagina 4.: Skin cells are nucleated, and each human cell contains about 5 picograms of nuclear DNA (35). Currently, multiplex PCR DNA type profiling routinely produces full profiles at or below 100 picograms of purified DNA. Therefore, as few as 20 cells will be sufficient to produce a DNA type profile. Let wel, dit is door ing. E. zelf ingebrachte literatuur!
Het kan nog sterker: in 2003 schreef Emily Besselink een scriptie, met als titel: Current and Future Developments in Forensic DNA Typing. Zij schreef deze scriptie onder de begeleiding van Dr. Kloosterman van het NFI en meldt expliciet het gebruik van gegevens, die door hem werden aangeleverd. Tot driemaal toe meldt ze, dat dat de ondergrens ligt op 100 pg en levert ook en passant de omgerekende waarde van 18 celkernen (de desbetreffende passages zijn benadrukt). Niks 200.


In 2009 is in de publiciteit gebracht, dat er wél LCN zou zijn gebruikt in de DMZ; dit levert dan voldoende stof voor revisie op.

Nu de problemen met LCN:

Omdat LCN zo'n 50x gevoeliger is dan de standaard methode, is nu het DNA van één enkele celkern al voldoende voor een profiel. Of zelfs op een lager niveau een aantal losse chromosomen uit een beschadigde cel. Indien er nu bijdragen aanwezig zijn van meerdere personen ontstaat een russische roulette met als negatieve hoofdprijs dit keer een lange gevangenissstraf.

Daarvoor is het belangrijk ons te realiseren, dat bij meerdere sporen gebruik is gemaakt van het vergelijken van de profielsterkten van het slo en van EL, zowel expliciet, als impliciet. In het laatste geval doel ik op het beoordelen van een aantal kenmerken in vlekje #10 als am-kenmerken.

Ondervraging Kloosterman (deskundige NFI) 26 januari 2004
 In vlek 20 was de verhouding tussen het materiaal van de verdachte en dat van het slachtoffer één op één. Ik kon daardoor alle kenmerken van het extra DNA zichtbaar maken, zodat een volledig profiel kon worden afgeleid. In de andere mengprofielen overheerste het materiaal van het slachtoffer dat van het tweede individu.
NFI rapport van 22 januari 2004
 In het DNA-mengprofiel van het monster in de lichtrode substantie [ARA8521#20], zijn de piekoppervlakken van de mannelijke donor hoger dan die van de vrouwelijke donor.
VERZOEK TOT HERZIENING Amsterdam, 26 juli 2006 G.G.J. Knoops
 ARA852#10 Dit spoor betreft het bloedvlekje in de kraag van de blouse. De gemiddelde hoogte van de pieken betreft bij dit spoor 1500, hetgeen relatief hoog is. Over dit spoor heeft echter de deskundige ing. Eikelenboom op 26 januari 2004 ter zitting van het Hof Den Bosch verklaard dat hij niet weet of dit bloedvlekje met geweld op de blouse S12 is gekomen. In het spoor komen 4 am-kenmerken voor, waarvan er drie passen in het DNA-profiel van het slachtoffer.
ARA852#20 Dit spoor bevat alle 18 kenmerken uit het DNA-profiel van verzoeker, maar de pieken zijn in dit spoor tussen de waarde 100 en 2100.

En passant wijs ik op de discrepantie tussen de eerste twee verklaringen. Voorts is het vergelijken van piekoppervlakten op zich een riskante onderneming, gezien de invloed van detectie op dit gegeven, zie de paragraaf over electroferogrammen.
In de bespreking van vlek#20 valt nu op, dat de waarde van de pieken varieert tussen 100 en 2100 (1 op 21 dus). Dit zou op het uitvoeren van meer cycli dan bij de standaardprocedure gebruikelijk is, kunnen wijzen.Veronderstel eens, dat in het uitgangsstadium slechts één enkel DNA-molecuul per locus beschikbaar is, zowel aan de kant van het slo als aan de kant van EL:

Probleem 1 - ongelijke start PCR-processen

In het eerste stadium hechten zich primers aan de loci, die onderzocht worden. Deze loci maken op dit moment nog deel uit van de gehele (wellicht gedegenereerde) DNA-streng. Vanaf dit begin wordt nu een kopie getrokken, welke in de splitsingsfase los wordt getrokken. Deze kopie heeft ca. de halve lengte van de originele string, afhankelijk van de positie van de locus.
Vervolgens worden er nieuwe primers geplaatst. Deze dienen weer als een begin van een nieuwe kopie.
Nu komt de gok: begint het kopieerproces aan dezelfde kant, als de vorige keer, dan wordt het gevormde stuk weer in zijn geheel gereproduceerd. Dus weer ongeveer een halve lengte. Zo'n lang stuk DNA is nog steeds niet bruikbaar voor de uiteindelijke analyse. In dat geval zal pas in de derde cycle een nuttig fragment kunnen ontstaan. Zo'n nuttig fragment ontstaat pas, als de kopieerbeweging vanaf de andere (nu lange) kant wordt gemaakt, zodat er maar een heel kort stukje overblijft:

  • Eerst zit het STR-fragment (groen) nog 'gevangen' in de oorspronkelijke DNA-keten.
  • Het kopiëren begint aan één kant van dit fragment. Er ontstaat zo een kortere DNA-streng; gemiddeld half zo lang als het origineel.
  • Van deze streng wordt een nieuwe kopie gemaakt.
  • Pas als het kopieerproces 'tegendraads' verloopt, ontstaat een DNA-fragment, dat bij de detectie wordt 'herkend'.
  • Dat DNA-fragment wordt vervolgens weer vele malen vermenigvuldigd.
  • Het aantal uiteindelijk detecteerbare kopieën kan door de onzekerheid in de eerste stappen zomaar een factor 2, 4 of zelfs hoger verschillen.
  • Verschillende loci geven verschillende resultaten.
  • Zelfs binnen een locus zijn de resultaten niet voorspelbaar.

Probleem 2 - allele dropout

Als één aanwezig DNA-molecuul zo al voor detectie in aanmerking komt, wordt er niet langer gebalanceerd op de grens van veel tegenover weinig, maar op de grens van weinig tegenover niets. Na de vermenigvuldiging kan het gaan lijken op veel tegenover niets, immers drie keer niets is niets, zoals de volkswijsheid zegt. Hierdoor kunnen zich conclusies opdringen, die niet gefundeerd zijn. De afwezigheid van DNA heeft nu geheel geen bewijskracht meer in relatie tot het wel aanwezige DNA, dit in tegenstelling tot wat men geneigd is aan te nemen.
Zo is het mogelijk, dat een locus als homozygoot wordt aangeduid, terwijl deze heterozygoot is; gewoon omdat in het uitgangsmateriaal één van beide chromosomen niet aanwezig was.

Probleem 3 - am-kenmerken

Een probleem bij het interpreteren van een electroferogram blijft de onderkenning van artefacten, d.w.z. onzinnige signalen, die veroorzaakt worden door misstappen van de PCR en van de electronica.  Door het 'uitvergroten' van de PCR methode, wordt de verleiding steeds groter, onwelgevallige signalen (kenmerken, die bij een andere persoon dan de beoogde behoren) als artefacten te bestempelen, of misschien zelfs wel andersom. De analyse wordt een 'fishing expedition'. Met name de opmerkingen in de herzieningsaanvrage omtrent de am-kenmerken duiden in deze richting.

Herziening 2006/2008
VERZOEK TOT HERZIENING Amsterdam, 26 juli 2006 G.G.J. Knoops pagina 61
Citaat 8. Op grond van het bovenstaande kan derhalve niet worden uitgesloten en is zelfs aannemelijk te achten, dat het NFI bij het opmaken van de rapportages voor het Hof in 2004, en bij het handmatig toevoegen van de kenmerken, zich heeft laten leiden door het DNA-profiel van de verdachte, en in die zin bij de invulling van de ontbrekende kenmerken gekleurd is geweest c.q. beïnvloed is geweest door het eigen beeld van de onderzoeker (zie hiervoor ook hoofdstuk V). Dit betekent dat er derhalve in onduidelijke gevallen teruggeredeneerd wordt naar het profiel van de verdachte.
Vervolgens 9. In de excel-sheet, welke aan het memorandum is aangehecht, zijn niet deze amvermeldingen op de piekenprofielen opgenomen. Wel staat achter elk spoor aangegeven hoeveel am-vermeldingen bij elk spoor vermeld waren welke betrekking hebben op het DNA-profiel van verzoeker.
Betekenis en commentaar Hetgeen onder punt 8. wordt verondersteld wordt gevoed door de omstandigheid, dat de betrokken onderzoekers in de rechtzaal aanwezig waren tijdens de uitspraak van de advocaat generaal op 8 december 2003: "Daar komt bij dat ik kan aantonen dat verdachte op 23 september 1999 niet in de ochtend bij het slachtoffer is geweest, zodat hij toen niet zijn DNA-materiaal kan hebben achtergelaten".
Verderop in het proces bleek deze uitspraak onjuist, maar kan wel zijn invloed gehad hebben op het aanwijzen van am-sporen, de NFI-rapporten werden daarna geschreven.
T.a.v. punt 9 valt op, dat de am-kenmerken van het slo niet zijn opgenomen in het overzicht.